Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
UPF3AQ9H1J1 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms