Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
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USP53Q70EK8 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP53Q70EK8 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
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