Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SYNE3Q6ZMZ3 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SYNE3Q6ZMZ3 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SYNE3Q6ZMZ3 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SYNE3Q6ZMZ3 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SYNE3Q6ZMZ3 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SYNE3Q6ZMZ3 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SYNE3Q6ZMZ3 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SYNE3Q6ZMZ3 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms