Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN9AQ15858 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC24.58■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN9AQ15858 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
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