Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SCN4AP35499 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SCN4AP35499 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms