Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
SMARCA1P28370 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms