Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
NPHP4O75161 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC29■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC29■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP4O75161 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms