Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC35.63■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.63■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC35.61■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC35.59■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC35.58■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC35.58■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC35.58■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.29
CCDC88BA6NC98 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
CCDC88BA6NC98 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC35.57■■■■□ 3.28
CCDC88BA6NC98 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.28
CCDC88BA6NC98 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
CCDC88BA6NC98 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.2 ms