Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
CHMP3Q9Y3E7 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CHMP3Q9Y3E7 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms