Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMA1Q9UHB6 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms