Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCIF1Q9H4Z3 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCIF1Q9H4Z3 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms