Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC27.95■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP3Q7Z494 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms