Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHD9Q3L8U1 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHD9Q3L8U1 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms