Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A4P53420 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms