Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD9P28356 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms