Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLDN3O15551 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CLDN3O15551 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms