Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL5A1P20908 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL5A1P20908 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL5A1P20908 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL5A1P20908 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
COL5A1P20908 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL5A1P20908 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
COL5A1P20908 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms