Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC39Q9UFE4 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC39Q9UFE4 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms