Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.79
CCDC3Q9BQI4 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms