Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 150.8 ms