Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HLA-CQ95604 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HLA-CQ95604 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HLA-CQ95604 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HLA-CQ95604 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HLA-CQ95604 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HLA-CQ95604 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HLA-CQ95604 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms