Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC54Q8NEL0 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms