Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL9A3Q14050 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
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