Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC20.21■□□□□ 0.83
COL6A2P12110 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A2P12110 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.3 ms