Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms