Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIMCH1Q9UPQ0 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms