Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms