Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP54Q70EL1 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms