Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS53Q5VIR6 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS53Q5VIR6 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.2 ms