Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms