Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC35.9■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
CCDC88BA6NC98 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC35.86■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC35.86■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC35.86■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CCDC88BA6NC98 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms