Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms