Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP54Q70EL1 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP54Q70EL1 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms