Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXD4P09016 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXD4P09016 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms