Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CPSF3Q9UKF6 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF3Q9UKF6 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms