Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC87Q9NVE4 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms