Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC40Q4G0X9 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC40Q4G0X9 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms