Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
SF3A1Q15459 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SF3A1Q15459 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms