Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL18A1P39060 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL18A1P39060 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL18A1P39060 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL18A1P39060 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
COL18A1P39060 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
COL18A1P39060 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
COL18A1P39060 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms