Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
HOXC9P31274 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HOXC9P31274 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC27.54■■■□□ 2
HOXC9P31274 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HOXC9P31274 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HOXC9P31274 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HOXC9P31274 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HOXC9P31274 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
HOXC9P31274 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
HOXC9P31274 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
HOXC9P31274 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HOXC9P31274 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
HOXC9P31274 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
HOXC9P31274 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
HOXC9P31274 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
HOXC9P31274 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
HOXC9P31274 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HOXC9P31274 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms