Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CLDN3O15551 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CLDN3O15551 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms