Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC27.09■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 AC093831.1-201ENST00000509166 434 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NCBP3Q53F19 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 AC084149.2-201ENST00000438443 797 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 RN7SL718P-201ENST00000581254 303 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NCBP3Q53F19 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms