Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
SMKR1H3BMG3 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms