Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.89■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CHMP3Q9Y3E7 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms