Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMD1Q9UGP4 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms