Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 140.6 ms