Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC42Q96M95 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms