Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
RPUSD4Q96CM3 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms