Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms