Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC24.95■■□□□ 1.59
VPS53Q5VIR6 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms